Samosprávnými akademickými orgány fakulty jsou akademický senát, děkan, vědecká rada a disciplinární komise. Dalším orgánem fakulty je tajemník.
Katedry
- Katedra informatiky a matematiky v dopravě
- Katedra dopravních prostředků a diagnostiky
- Katedra dopravního stavitelství
- Katedra technologie a řízení dopravy
- Katedra dopravního managementu, marketingu a logistiky
- Katedra elektrotechniky, elektroniky a zabezpečovací techniky v dopravě
- Katedra mechaniky, materiálů a částí strojů
- Katedra letecké dopravy
